El Consejo Directivo es el máximo órgano de co-gobierno de la Facultad. Allí se decide de manera conjunta y representativa el destino de la institución en lo administrativo, académico y político. Los encuentros son públicos para toda la comunidad académica.

Este cuerpo está presidido por el Decano y está integrado por representantes de los diferentes claustros que participan de la vida universitaria: nueve (9) docentes, cuatro (4) estudiantes, un (1) agente del personal administrativo y de servicios, y cuatro (4) graduados. Los consejeros son electos por sus respectivos claustros en elecciones directas.

Actualmente, el Consejo Directivo de la Facultad de Ciencias es presidido por Pedro Barbagelata y se conforma del siguiente modo: